Chùa Phổ Minh còn có tên gọi là chùa Tháp, toạ lạc cách đền Trần khoảng 300m về phía Tây, trong quần thể di tích quốc gia đặc biệt đền Trần và chùa Phổ Minh, phường Nam Định, tỉnh Ninh Bình.
Lịch sử và truyền thuyết tại địa phương cho biết, ngôi chùa Phổ Minh được xây dựng từ thời Lý, mở rộng dưới thời Trần và có mối liên hệ mật thiết tới đức vua - Phật hoàng Trần Nhân Tông cũng như Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.

Sách Đại Việt sử ký toàn thư đã xác nhận, dưới thời Trần, chùa Phổ Minh được xây dựng với quy mô lớn cùng với việc xây dựng các cung điện ở Thiên Trường. Sách Việt sử thông giám cương mục thời Nguyễn đã ghi chép về niên đại xây dựng chùa Phổ Minh tương tự như Đại Việt sử ký toàn thư: “Tháng 2, mùa xuân (1262), đem làng Tức Mặc thăng lên làm phủ Thiên Trường, dựng cung Trùng Quang, Trùng Hoa và chùa Phổ Minh ở phủ ấy”.
Tấm bia Phổ Minh thiền tự bi soạn khắc niên hiệu Cảnh Trị 6 (1668) dựng ở sân phía Tây chùa có ghi lịch sử xây dựng chùa Phổ Minh như sau: “Nhà Lý xây dựng chùa, họ Trần điểm tô. Nhớ xưa đền - đài nguy nga, đỉnh đồng nghìn quân trấn giữ, quy mô lẫy lừng, tháp Phật trăm thước dựng lên”.
Bài minh khắc trên quả chuông đồng niên hiệu Cảnh Thịnh 4 (1796) thời Tây Sơn, hiện treo tại tiền đường chùa Phổ Minh cũng xác nhận “Phổ Minh, ngôi chùa cổ trước đây là một đại danh lam của nước Đại Việt, xây dựng từ thời phồn thịnh của nhà Lý, được mở rộng khuôn viên dưới thời Trần”.
Như vậy, niên đại xây dựng từ thời Lý của chùa Phổ Minh đã được các tài liệu, thư tịch ghi chép. Song ngôi chùa Phổ Minh thời Lý hẳn có quy mô còn nhỏ nên được triều Trần xây dựng quy mô lớn hơn và trở thành một trung tâm Phật giáo lớn của Đại Việt nằm trong tổng thể Hành cung Thiên Trường thời Trần.
Theo các nguồn tư liệu, năm 1299 Đức vua Phật hoàng Trần Nhân Tông xuất gia đi tu sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm. Sau khi hình thành, phái Trúc Lâm phát triển mạnh ở phía đông bắc Đại Việt với trung tâm là khu di tích Yên Tử (Quảng Ninh). Ngoài trung tâm Yên Tử, nơi tu hành của vua Trần Nhân Tông còn có 3 giới đàn do Trần Nhân Tông sáng lập là chùa Chân Giáo (kinh thành Thăng Long), chùa Báo Ân (Bắc Ninh) và chùa Phổ Minh (Hành cung Thiên Trường). Tại chùa Phổ Minh, vua Trần Nhân Tông đã mở trường dạy học. Năm 1303, mở hội Vô lượng ở chùa, giảng kinh giới thí và chuẩn cấp tiền cho người nghèo trong cả nước.
Hiện nay, tại thượng điện chùa Phổ Minh bài trí bộ tượng Trúc Lâm Tam tổ, trong đó có tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn. Năm 2023, bộ tượng Trúc Lâm Tam tổ thờ tại chùa Phổ Minh được Thủ tướng Chính phủ công nhận là Bảo vật quốc gia.
Những ghi chép trong sử sách, truyền thuyết dân gian cùng hệ thống các di vật, hiện vật liên quan đến vua Trần Nhân Tông đã cho thấy mối liên hệ đặc biệt giữa đức vua - Phật hoàng Trần Nhân Tông và ngôi chùa Phổ Minh. Minh chứng cho những mối liên hệ đặc biệt đó, hiện nay trước chùa Phổ Minh hiển hiện ngôi bảo tháp, cao 19,51m được vua Trần Anh Tông (1276-1320), vị vua thứ 4 của nhà Trần xây dựng để lưu giữ một phần xá lỵ của Phật hoàng Trần Nhân Tông.
Sau 800 năm xây dựng, đến nay tháp Phổ Minh vẫn sừng sững, vẹn nguyên cùng với đó là hệ thống các chân tảng đá cánh sen, những linh vật rồng tại bậc tam cấp toà tiền đường, sấu đá ở tam quan đã khẳng định phong cách kiến trúc nghệ thuật đặc sắc của ngôi chùa Phổ Minh, một trung tâm Phật giáo Trúc Lâm thời Trần trên quê hương Tức Mặc - Thiên Trường.
Vũ Hồng Phong